Ochrona lasu w nadleśnictwie skupia się na działaniu zmierzającemu do poprawy stanu sanitarnego lasu. W tym celu prowadzone są działania polegające na prognozowaniu, kontroli przebiegu rozwoju oraz ograniczaniu występowania szkodników owadzich.

Jednym z owadów zagrażającym drzewostanom świerkowym jest kambiofag –kornik drukarz Ips typographus (L.), który powoduje  zamieranie drzew w krótkim czasie. Prognozowanie pojawu tego szkodnika oraz korników mu towarzyszących odbywa się poprzez wywieszanie pułapek feromonowych oraz wykładanie drzew pułapkowych. Pułapki feromonowe wywiesza się również na drwalnika paskowanego Xyloterus lineatus (Oliv.), ksylofaga  powodującego techniczne uszkodzenia drewna zarówno iglastego (świerk) jak i liściastego (dąb). Istotą zwalczania tych gatunków jest wyznaczanie i usuwanie drzew trocinowych, czyli takich, które zostały świeżo zasiedlone przez korniki.

Specyficzny mikroklimat, z okresowo występującymi porywistymi wiatrami naraża drzewostany Nadleśnictwa Górowo Iławeckie na szkody powodowane przez czynniki abiotyczne, głownie w postaci wywrotów i złomów. Aby zapobiec zasiedlaniu takiego surowca przesz szkodniki owadzie  drewno takie zostaje bezzwłocznie usuwane z lasu. Duże znaczenie w zapobieganiu tego typu szkodom ma prawidłowe prowadzenie cięć rębnych oraz wykonywanie odpowiedzialnej intensywności cięć przedrębnych – pielęgnacyjnych.

Szkody od zwierzyny płowej w uprawach i młodnikach występują na poziomie gospodarczo znośnym. Ochrona drzewostanów przed zwierzyną polega na grodzeniu upraw siatką leśną oraz mechanicznym zabezpieczaniu sadzonek palikami (modrzew).

W ostatnich latach istotne szkody powoduje Bóbr europejski (Castor fiber) poprzez zgryzanie, a przede wszystkim zalewanie i podtapianie drzewostanów co ma duży wpływ na wydzielanie się posuszu.

Ważnym elementem jest także ochrona pożytecznej fauny. Mowa tu głównie o ptakach, których ochrona odbywa się poprzez konserwację istniejących budek lęgowych oraz dokarmianie w okresie zimowym.